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数学系
  1997年学院成立时设立,顾沛为系主任;1998年2月,梁科为系主任;2003年4月,刘春根为系主任;2007年6月,邓少强为数学系主任(现任),丁龙云为副系主任(现任)。党支部书记刘秀贵。


应用数学系
  2010年1月撤销金融信息技术系后成立,金应烈为系主任(现任)。党支部书记李静。
  (金融信息技术系1997年学院成立时设立,张效成为系主任;2001年12月,陈典发为系主任;2007年6月,金应烈为系主任。)


信息与数据科学系
  1997年学院成立时设立,名为信息科学与概率统计系,吴喜之为系主任,梁朴为副系主任;1999年5月,更名为信息与概率系,梁朴为系主任;2001年12月,阮吉寿为系主任;2016年6月,更名为信息与数据科学系,阮吉寿为系主任(现任)。党支部书记阮吉寿。

  下设生物信息学实验室。


概率统计系
  1999年5月在数理统计专业的基础上设立,张润楚为系主任;2001年12月,王兆军为系主任;2008年11月,刘民千为系主任;2016年6月,更名为概率统计系,陈鲁生为系主任(现任)。党支部书记阮吉寿。


科学与工程计算系
  1997年学院成立时设立,名为科学计算与应用App系,胡健伟为系主任;2001年12月,杨庆之为系主任;2005年10月,朱少红为系主任;2008年12月,杨庆之为系主任;2016年7月,吴春林为系主任(现任)。党支部书记薛运华。
  2009年11月,更名为科学与工程计算系。


数理金融与精算科学系
  2010年1月撤销金融信息技术系后成立,王永进为系主任(现任),江一鸣为副系主任(现任)。党支部书记李静。
  (金融信息技术系1997年学院成立时设立,张效成为系主任;2001年12月,陈典发为系主任;2007年6月,金应烈为系主任。)


高等数学教学部
  1997年学院成立时设立,陈吉象为教学部主任;2001年12月,张效成为教学部主任;2009年9月,周迈为教学部主任(现任)。 党支部书记刘秀贵。



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